善教寺は、慶長十八年(一六三六年)、加藤清正公による町屋・寺院移転計画にて、現在の熊本市中央区東阿弥陀寺町41番地に建立を許され、浄土真宗本願寺派の寺院となった古い歴史のあるお寺です。
建立を許されたのは、祐慶師(俗名・本田大和守藤原善教ほんだ やまとのかみ ふじわらのよしのり)で、初代住職でもあります。この「善教・よしのり」から善教寺と名付けられたと推察されます。

この初代住職・祐慶師の先祖は五位諸太夫・本田義明という人です。
本田義明は京の朝廷に仕えていた人でしたが、承平四年(九三四年)、第六十一代朱雀天皇の時代に、武勇名高い藤原保昌が肥後国司(熊本の統治者)として下向された際、民衆の暴動や疫病の流行を鎮めるために京都の祇園社(八坂神社)の御分社として、飽託郡湯原(現・熊本市西区二本木五丁目)に祇園宮が創建され、この時、本田義明も同じく京より肥後の国入りをしました。この祇園宮は現在の北岡神社の前身です。

以来、数十代にわたって本田家はこの祇園宮に奉仕してきましたが、元亀三年(一五七三年)三月、当時の本田家の長であった本田善右衛門久次(ほんだぜんえもんひさつぐ)は神職を辞めて剃髪し「祐心」と名を改めました。そしてその子・吉左衛門善教(よしざえもんよしのり)も同じく僧侶となり、祐慶と名乗って善教寺を建立し、初代住職に就きました。

その後四百年以上の長い歴史を重ねて来ましたが、平成二十八年熊本地震の被害に遭い、本堂及び庫裏が全壊し、現在は再建計画中です
 
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